현재 제주대학교 본부 직할 연구소로 큰 규모를 자랑하는 해양과학연구소는 연근해의 해양 및 수산에 관한 기초연구와 제주도의 환경과 해양개발 해양산업전방에 대한 종합연구를 목적으로 1968년 3월 제주대학교 수산학부 남방수산생물연구소라는 이름으로 설립됐다. 이후 1988년 2월 29일 연구소 신관 준공과 함께 명칭을 해양연구소로 개칭했다. 2001년 9월 1일에는 환경연구소와 통합해 해양뿐만 아니라 육상의 환경오염 현황을 체계적이고 종합적으로 연구할 수 있는 해양과학연구소로 재탄생했다.

현재 해양과학연구소는 쾌적하고 청정한 환경을 보전하기 위해 해양 및 환경 분야의 우수한 인력양성과 함께 국내외 학술교류 증진, 해양과 환경에 관한 다양한 학술연구를 종합적으로 수행하고 있다.

해양과학연구소는 내부에 수상 백신 연구센터’를 두고 어류를 치료하는 백신을 연구한다. 또한 연구소는 우리나라 농수산물 중 세계적으로 경쟁력 있는 품종들을 육성하는 국책사업의 일환인, 골든 시드 프로젝트에서 ‘붉바리 GSP 연구팀’으로 붉은색 다금바리인 ‘붉바리’를 연구해 사업화한다. ‘아이해브 RIS 사업단’은 양식어류를 수출할 뿐 아니라 부산물 등을 상품화하며, ‘양어 사료 연구팀’은 어류를 위한 사료를 만들며 기능성 물질을 첨가하고 개선하는 등 질 좋은 사료를 만든다. 그 이외에도 수산양식보건연구부, 해양생물연구부, 해양산업공학연구부, 환경연구부 등의 해양과학의 모든 부분을 연구하는 조직이 있다.

종합적으로 해양과학연구소는 수산양식을 주축으로 하고 있다. 소형 연구 조사선이 있어 직접채집을 할 수 있는 시스템 형태로 연구에 집중할 수 있도록 했다. 과제 중심으로 운영되는 다른 센터들과는 다르게 해양과학연구소는 시설을 지원해 연구자들이 시설 내에서 연구할 수 있게끔 한다.

해양과학연구소는 제주대학교에도 있지만, 제주특별자치도 제주시 조천읍 함덕리에 전반적인 연구 시설이 있다. 부지는 1만 7886㎡ 이고, 건축물 중 본관은 2479㎡, 6개의 연구동과 3개의 실험 실습동은 2392㎡, 부대시설로 사료제작 연구실, 고가탱크, 해수 펌프실은 201㎡ 으로 총 5063㎡ 이다.

해양과학연구소는 지역사회 발전에 도움을 주려 노력한다. 지역 어민들을 위한 재교육 센터를 설립하려고 추진 중이며, 함덕초등학교, 함덕중학교에 다니는 아이들의 발전을 위해 장학금을 지원하고, 지역 어민들을 위해 지역발전기금을 지원하기도 하며 유대관계를 쌓아가려고 노력한다.

여인규 해양과학연구소 소장은 “외국의 우수한 대학의 연구소처럼 외국 연구자들이 와서 연구하고 싶은 시설들이 마련돼 국내 연구자들도 만족스럽게 연구하며 국제 연구가 활성화됐으면 좋겠다”라며 “주식회사 씨알 같은 지주회사에 수익성을 극대화할 수 있는 지원을 통해 연구소의 시설적인 부분 개선을 지원할 수 있게 하도록 고려하고 있다”고 말했다. 또한, 제주대학교 학생들에게 “함덕은 거리상 제한은 있지만, 본인의 역량을 펼칠 수 있는 시설들이 마련돼 있어서 해양과학을 연구함에 도움이 되고, 특별연구원 제도가 있으므로 재학생이든 졸업생이든 본인이 하고 싶은 연구에 활용할 수 있으면 좋겠다”고 말했다.